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万历四十八年九月初一，朱常洛在吃了两枚仙丹后正式成仙了。
早上群臣进乾清宫哭过先皇后，提出要将朱由校请到文华殿，大家一起叩头拜见未来的皇帝。李选侍不放心，要他们就在乾清宫拜见就行了。兵科左给事中杨涟叫来已升为司礼监秉笔太监的王安，要他将太子请出来。
王安进去对李选侍说：“乾清宫有二位先帝灵柩，不宜拜见太子，所以外臣想在文华殿里给太子叩头，叩完头就送回乾清宫。”李选侍就要李进忠带小李小邓一起陪太子去，吩咐要小心照顾好太子。
朱由校出来以后，大学士方从哲、刘一燝、韩爌，吏部尚书周嘉谟，户部尚书李汝华，兵科左给事中杨涟，署礼科事刑科给事中暴谦，浙江道御史左光斗一拥而上，把朱由校吓了一跳。李进忠急忙护住太子，杨涟冲上去，一把推开他，一个耳光扇了过去，骂道：“你个阉人滚到一边去。”李进忠不敢回嘴，更不敢还手，只好捂着通红的脸跟着一起走，杨涟又道：“你们不要跟着来，再过来打断你们的腿。”李进忠等人只好眼睁睁地看着太子被带走，转身回去禀告李选侍。
其实，朱由校不是被带走，而是被架走，脚不沾地地到了文华殿。大家请太子上坐，一起叩头如仪。杨涟请太子早继皇帝位，以安天下心。朱由校说道：“先皇仙去，孤心中悲痛，只想悼念先皇，不欲继皇帝位。”
皇帝继位，都是需要正式的三请三辞才行的，所以这样的请求太子不允许本来就是意料中事，然后大臣们又禀告了一些丧事的安排，这些事完了后大臣们行礼准备退去，这时杨涟发话了：“太子不能回乾清宫，应该重新找一个地方安置太子。”首辅方从哲道：“先皇登基以来，太子都是随居于乾清宫，为何不能回？”
杨涟道：“乾清宫内尚有李选侍在，太子年幼，易受其蛊惑，如其欲行垂帘之事，那我们能怎么办？应该将李先侍从太子身边调天，这样才能让人放心。”
方从哲心想，以李选侍身份地位，想行垂帘之事，那是绝无可能，但又不好反驳，于是问道：“不回乾清宫那让太子住在哪里呢？”
王安欠身说道：“慈庆宫为原太子宫，可为太子暂居之所。”
杨涟道：“那就慈庆宫吧。”两人片言只语就决定了这件事，根本没有征求首辅的意见，方从哲脸色不变，一言不发。
整个过程中，也没有一个人问过朱由校想住在哪里，商量的时候，看都没有看他。众人拥着他到了慈庆宫，行礼告别而去，王安叫来几个太监，吩咐他们仔细伺候着太子，也离开了。
象个木偶一样被群臣无视，朱由校心里的恼怒可想而知。等王安走了以后，他直接走出慈庆宫，回到乾清宫，几个太监劝太子不要离开，朱由校理都不理，又不敢拦着太子，只能跟在他身后，直到他进了乾清宫，才无奈地回去。
一进宫来，李选侍和客氏迎了上来。李选侍道：“他们可曾为难哥儿了。”
朱由校说道：“他们当然不会为难我，媞媞呢，我饿了，一起吃饭吧。”至于他们不想自己回乾清宫的事，还是别说了，免得李选侍烦恼，客氏担心。
吃饭以后，照例是守灵。朱由校坐在灵堂里开始思考，按照常理，太子年幼，本来就要有人照顾才行，而现在大臣们却要让他独居在慈庆宫，远离自己熟悉的人，这事有点反常呀？
按照平行时空管理局一号所说，自己应该在这一年当上皇帝，看这情形，大概就是这几天的事情。而自己一个才十六岁虚岁的小孩子，大臣们在面对他时虽然在叩头，但根本看不出有什么恭谨之心，那么他们让自己独居的目的就昭然若揭了：他们想孤立他，想让自己做他们的傀儡。
根据跳得越欢得利越大的原则分析，方从哲显然不是这么想的，那这么想的就应该是杨涟那一伙人。自己初来乍到，人生地不熟的，可不能上了他们的当，方从哲应该可以拉过来做盟友，徐光启那更是不用说，不是盟友而应该是心腹，还有谁？朱由校悲催地发现，外廷自己根本没有可用之人。
外廷不行，那宫内呢？第一个可以信任的当然是李进忠了，还有王体乾呀，李朝钦呀都是不错的，王安好象和杨涟走得比较近，还是小心一点为妙。
第二天，群臣来到慈庆宫拜见太子，不想却人去楼空，杨涟立即叫人把王安找来，王安听慈庆宫太监说明了情况，立刻叫人将慈庆宫的太监按在地上狠打，边打边骂：“为什么昨天晚上不去告诉我？”众臣也不管王安惩罚太监的事，先去了文华殿，王安则又来到乾清宫，要请太子去文华殿。
朱由校道：“有什么事，就在乾清宫说吧。”他可不想象昨天一样，让人留住回不来。王安道：“今日群臣有大事启奏，乾清宫有两位先帝灵柩。诸事不便，所以请太子去文华殿，然后再回宫来。”
朱由校回道：“不必了，就在这里说吧，有什么事不能在这里说吗？”
李选侍却起了疑心，问道：“怎么了，昨天不是也在文华殿吗？哥儿为什么今天不去了？”
朱由校昨天没有对她说实话，所以今天也就不大好回答这个问题，心想，大不了晚上再回来呗。于是辞别了李选侍等人，跟着王安去了文华殿。
群臣跪拜以后，礼科左给事中李若圭上奏说，册封大礼举行是有一定的次序的。孝端显皇后（神宗皇后）、孝靖皇后（光宗生母）尊谥还没有行封，郭元妃（光宗元配）、王才人（朱由校生母）应该封为皇后的事连尊号都还没有定好，册封选侍李氏为贵妃的事暂宜停止，礼部尚书孙如游也说按礼来说应该如此。朱由校知道最后只能是这个结果，只好答应了。
虽然他的皇帝老爸告诉了他为什么要封李选侍为皇贵妃，但是按朱由校本意来说，他并不想头上多一个皇太贵妃指手划脚，只是一直以来李选侍对他都还不错，加上媞媞的关系，使他觉得还是封她这皇贵妃的好。但现在连礼部尚书都这么说，而且确实说的是正理，那就是他反对也是无效的，所以暂缓就暂缓吧。
然后是各位公、侯、驸马、伯、文武百官、军民、耆老人等、少傅兼太子少傅英国公张惟贤等奉笺劝进，这是第一次劝进，照例是不允的。
杨涟又提出昨日太子回乾清宫之事，于礼不合，请今日宿于慈庆宫内，并提出，李选侍不适宜再住在乾清宫内，应该立刻搬出。
朱由校瞪了王安一眼道：“孤年龄幼小，需选侍照顾，选侍毋须搬出乾清宫。”
朱由校对李选侍还是有些感情的，当然也有媞媞的原因在内。如果李选侍住在乾清宫照顾他，其实是最好的安排，就象光宗安排封李选侍为皇贵妃一样，所以他提出由李选侍暂居乾清宫，以便照顾自己，这下可就捅了马蜂窝。
首先兵科左给事中杨涟上奏，他认为李选侍把自己当成皇上母亲（俨然以母道自居）；名义上是保护皇上，实际上想自己专权（外托保护之名，阴怀专擅之实）；所以大小臣子都不相信她，不想要她照顾皇上，这才要皇上住在慈庆宫，让她搬出乾清宫后再回（大小臣工心切疑之，不敢以宗庙神灵所托重之身，轻付之不可倚信之手。故力请陛下暂居慈庆宫，然后奉驾还正乾清）。
然后，他说李选侍令内官盗取宫中宝物想运出去，认为自己是皇贵妃，不把皇上放在眼里（令李进忠、刘逊、魏进中等，擅开宝库，盗取珍藏岂必欲尽先朝之有，而后出乎。抑指借皇贵妃名，色遂目无幼主乎）。
最后，他认为李选侍身份低下，既不是太子的嫡母，也不是太子的生母，应该立即搬出乾清宫，不需要选什么日子（非嫡母非生母，而怙恃宠灵，妄自尊大，天下其孰能平之？谓宜敕令选侍：恪遵天语即是吉祥，不必藉口择日。）我认为今天李选侍就要搬走，皇上就要移驾回乾清宫（至移宫事，臣言之在今日，陛下行之亦必在今日）。
朱由校心中大怒，先皇本意就是要李选侍照顾自己，你们怀疑是什么意思？至于李选侍盗取宫中宝物之事，自己就知道根本不是这么回事，宝物本来就是先皇赏给她的。后面的话甚至有影射李选侍效法武则天的意思，用心实在是太恶毒了。
浙江道御史左光斗也赞同杨涟的意思，竟然说：“高宗武周之事，不得于今朝见之。”直接指李选侍欲色诱太子，以行武周之事。
朱由校气得发昏，正要驳斥他，这时大学士方从哲、刘一燝、韩爌一起上奏，他们说的就委婉多了，他们认为皇上登基典礼后就要住到乾清宫里，李选侍只是一个选侍，身份所限，没有资格住在乾清宫照顾太子，所以要李选侍搬走，而且慈庆宫是太子的父亲未登基时曾经住过的地方，并不适合她居住，所以不是搬到慈庆宫，而是要搬到仁寿殿去。
总之，大家的意思是李选侍一定要搬走，用语恶毒也好，用语平缓也罢，大家的意思都是一样，不能让李选侍照顾他。朱由校明白了，上次他们说暂缓封李选侍为皇贵妃，原来是在这里等着自己呢。自己终究还是图样图森破，现在讲道理是讲不过他们的了，而且他揣测，大臣们其实真实想法也是不想有一个皇贵妃来掣肘，所以才会如此做。
他知道想辩也是辩不过群臣的，无奈之下，他只好答应让李选侍在自己登基之前移出乾清宫，搬去仁寿殿，自己先住在慈庆宫，并保证不会回乾清宫，大臣们才满意而退。
众臣退出后，朱由校问王安道：“这个杨涟是个什么官，如此言语刻薄，咄咄逼人。”
王安正色道：“内臣曾听人言，杨涟虽是一小小给事中，但当朝之中，一心为国，见识卓越者首推便是杨涟，当日内臣引先皇与太子去乾清宫探视病情，便是杨涟吩咐内臣的。太子殿下年纪尚小，整日与李进忠等人嬉戏玩耍，不识朝臣忠奸，这个内臣省得，殿下与内臣说说而已，然此语若出于外，寒忠臣之心，长奸佞之志，则有失先皇殷殷之期也。”
一番话噎得朱由校说不出话来，这老狗可恨，自己和李进忠他们做的可都是正事，你不懂就不要瞎**。欺负老子年纪小是吧，老子前后加起来也是三十多岁的人了，还不辩忠奸，老子看你这个老东西就是奸臣，我没吃过猪肉总看过猪走路吧，你们的套路还是看得明白的，想架空我，没门。
“殿下，内臣得众大臣吩咐，将去行移宫之事，不知还有何吩咐？”
“移宫之事，非吾所愿，不要逼迫过甚，只要在登基之前即可，另有李进忠之事，此事孤是知道的，并非盗物，亦毋须责之。”
“谨遵殿下吩咐，内臣理会得。”王安匆匆地去了。
于是这天晚上朱由校就住在了慈庆宫里，九月初三，群臣第二次劝进，照例不允。
九月初四，第三次劝进，照例允了。定于九月初六日登基。群臣将拟定的十几个年号拿来让他挑选，他看到其中有一个是天启，想道，哥哥叫朱啸天，自己叫朱啸启，这个年号很好，看到这个年号就会想起哥哥，就指着它说：“就这个吧！”
九月初六，朱由校于文华殿即皇帝位，年号天启，大赦天下。从今天起，他不再是太孙，也不是太子，而成为了真正的皇帝，他成了天启皇帝朱由校。