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下一期的报纸上，圣旨部分登载了一篇《劝发明创造谕》，里面就是朱由校的兵器局讲话。当然，经过徐光启和叶向高两位的修改，讲话已经面目全非，但主旨思想倒是一点没有变化。而且在编者按里有一段说明：奉圣谕，于京师及南直隶设立专利院，全国子民的发明创造都可以在专利院里进行鉴定，而且想要发明创造的只要提出构想，经审查合格后，可以提供创造经费，但需要有相应的抵押。如果没有或者不愿意抵押的，可以在京师研究院来进行研究，由研究院提供所需的一切费用。
专利院的建立正在进行，而朱由校这时候正在进行度量衡的统一事宜。首先，他造出了现代天平，因为有秤的存在，所以大明人很容易就理解了天平。
造出天平后，朱由校让兵器局锻造了一斤重的钢铁块，都是经过天平仔细称量了的。然后造出了一两和一钱的钢铁块。
而长度和容积单位也是照此处理，造出了钢尺，最小的单位是厘，然后是分，寸，尺。造出了一升，一合，一勺，一撮的钢铁块。
朱由校命令给每个布政司送一套钢铁块和钢尺，以使各地校正衡器。而兵器局则继续造出一分重和一厘重的钢铁块。以现在的能力到一厘已经是极限了。
而这时，玻璃厂已经将内装水银的玻璃管造好了。朱由校让人将玻璃管放入冰水混合物中，刻下了记号，然后又放入沸水中，又刻下记号。再将中间这一段等分成一百小段，这样就成了一个摄氏温度计。
当然，这个温度计显然不叫摄氏温度计，朱由校就叫它温度计。用这种方法，可以造出五百度的温度计，当然，现在蒸汽机的蒸汽温度也没有达到五百度，所以短时期内应该是够用了。
统一的度量衡对于经济和科学研究都有极其重要的作用，朱由校想要让全国都用统一的度量衡，当然这是一个渐进的过程，没有个十年八年来推广，是不大现实的。但朱由校认为，先在进行科学研究时用统一的度量衡，倒是不难的。
而朱由校让茅元仪办了一份新报纸，名字就叫《大明科学报》，这是一份内部报纸，发行范围很小，主要是京师大学堂研究院和兵器局，第一期学报中，首先介绍了什么是科学。
科学，指分科而学的意思，指将各种知识通过细化分类研究，形成逐渐完整的知识体系。是关于发现发明创造实践的学问，是人类探索研究感悟宇宙万物变化规律的知识体系的总称。科学是一个建立在可检验的解释和对客观事物的形式、组织等进行预测的有序的知识的系统。科学还指可合理解释，并可靠地应用型知识的主体本身。
这个解释比较拗口，但朱由校实在是想不到如何用文言文来翻译它，而徐光启他们的翻译又会让一般人根本不明白是什么意思，所以索性就用大白话来解释。
也许是受到对科学解释的影响，科学报通篇都是用的白话文。第一期报纸上，朱由校提出了科学的研究方法应遵循的一般原则有：1、研究程序的公开性；2、收集资料的客观性；3、观察与实验条件的可控性；4、分析方法的系统性；5、所得结论的再现性；6、对未来的预见性。
而至于科学的研究方法，朱由校也专门写了一篇文章来阐述。他认为，进行科学研究，第一是要认识到问题的存在。例如，在研究物体的运动时，首先应当注意到物体为什么会像它所发生的那样进行运动，亦即物体为什么在某种条件下会运动得越来越快（加速运动），而在另一种条件下则会运行得越来越慢（减速运动）。
第二是要把问题的非本质方面找出来，加以剔除。例如，一个物体的味道对物体的运动是不起任何作用的。
第三是要把你能够找到的、同这个问题有关的全部数据都收集起来。例如，可以有意地让一些球从一些斜面上滚下来；这样做时，既可以用各种大小不同的球，也可以改变球的表面性质或者改变斜面的倾斜度，等等。这种有意设计出来的情况就是实验。
第四是有了这些收集起来的数据，就可以作出某种初步的概括，以便尽可能简明地对它们加以说明，亦即用某种简明扼要的语言或者某种数学关系式来加以概括。这也就是假设或假说。
第五是在有了假说以后，你就可以对你以前未打算进行的实验的结果作出推测。下一步，你便可以着手进行这些实验，看看你的假说是否成立。
第六，如果实验获得了预期的结果，那么，你的假说便得到了强有力的事实依据，并可能成为一种理论，甚至成为一条“自然定律”。
朱由校总结了一句话：大胆假设，小心求证，这就是科学研究的基本方法。这个世界有太多我们不懂的知识，都可以通过科学的研究方法搞明白。
朱由校明白，自己的智力最多算得上是中等水平，与大明人相比，多的不过是一些见识。所以他要把自己强于这个世代的一点点东西充分地发挥出来，与大明人的聪明才智结合起来，让大明的科学技术水平有长足的进步。
他呼吁大家，把精力放在研究自然规律上，平日里司空见惯的一些事，其实是有深刻的道理在其中的。格物致知这事，是圣人教导大家探究真理的重要途径，只要把这世界上的道理都弄明白了，更好地理解这个世界。等到有一天，点灯不用蜡烛，耕地不用牛马，就能使大明人过上象三代之治的好日子。
《大明科学报》的目的是让大家提出奇思妙想，彼此交流自己的研究心得，希望能够让大家的想法碰撞而产生新的火花。科学研究是一个长期的过程，但交流非常重要。在首期的报纸上，就登载了伽利略的《水中浮体对话集》的一部分，并且传教士答应，每次从欧洲来的教士，都会将最新的书籍带来大明，与大明的研究工作相印证。