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皇帝最后决定还是将债券命名为农业债券。第一期只在京城发行，发行期一年，总量为两百万元，年利息为一成。这已经比银行存款利息高了太多，而且上面盖着户部和农业部的大印，负责发行的银行也明确告知顾客，每张债券十元，一年后收回时可换十一元，因为是不记名的，所以随时可以卖与他人。
民众对这一新鲜事物大多持观望的态度，问询的多，而买的则很少。发行的第一天，只卖出了一万多元。这让毕自严很是有些焦急。第二天当皇家玻璃镜子店里的宫女也开始买这个债券时，京城的人这才知道不是骗人的了，顿时一涌而上，当天便卖出了八十多万元，第三天售罄。
户部官员见竟然如此好卖，心里大喜，见户部资金有些捉襟见肘，便向毕自严建议发行更多的债券，被毕自严拒绝了。他骂道：”借钱一时爽，要还的时候怎么办？农业部的平价粮资金已经有着落了，这次的大清查一定会查出大量的贪官污吏，仅仅是没收家产这一项便可以得到大量收入，我们的日子就好过了。好好看着，自己不要伸手，可别怪我没说在前头，厂卫和廉政公署，经济调查局同时参与，出了事我是不管的。“
现在京城的官员俸禄本来就高，只要安安生生地做上几十年，老了致仕后还有养老金，一起算下来，三十年可以积累二十万元，虽然比不上三年清知府，十年雪花银，但胜在安全，不用担心。想想被揪出来的官员，自己在牢里，家产被没收，子女无法生活，只能去卖力气，还是安稳一些好呀。
全国的仓库大整治很快就铺开了，因为是各地同时清理，使得以前的从一地搬到另一地来充实库房的手段完全无用，而厂卫以前便接到过一些检举的材料，正好现在用上，一时间，各地的库老鼠，粮老鼠的好日子就到了头，仅北直隶一地，九府两直隶州下面的十七散州七十二县八卫，九十七个县级机构，只有九个是没有大问题的。
没有大问题是指账物基本能够对上，只是有些库物粮食质量有些问题的，毕自严之前已经预料到这种情况，所以请旨这样的库房不予惩处，只是勒令将库房清理好，准备进行改制。
而其它州县的库房就惨不忍睹了，有些粮仓里粮食只装了一半，而账面上则是满仓，有些库房里只有老鼠，账面上则有白银若干，青铜若干……，这让清查的官员们先喜后忧，喜的是抓出了大案子，忧的是这些粮食跑哪里去了，如果真的出现灾荒，指望救命的粮仓里却是霉米甚至只是数字，那时可怎么办呀。
各地的法院忙得不可开交，吏部和厂卫不停地将仓使粮书交到法院，并附上了起诉书。这类案件根本没有什么可审理的，事实面前，狡辩是无济于事的，所以审决很是容易。
而毕自严接到下面的报告后，又急又气。按这上面的情况，大明的库房特别是地方粮仓几近于完全无用，九成的粮仓都是摆设。好在朝廷的大仓由朝廷直管，这几年吏员学堂的学生进了许多，厂卫在这方面的巡查极严，倒是没有太大的问题。
躲是躲不过的，朱由校还是看到了毕自严的报告。他气得大叫：”杀了，都给朕杀了，这样的蛀虫活着还有什么意义。“
阁臣们都面露难色，吴仁度鼓起勇气道：”陛下，大明自有法度，有些不够死刑的不能杀。“
朱由校怒道：”现在非常时期，朕觉得应该要加重惩罚，这样才能寒了这些贪官污吏的胆，以后他们想干坏事的时候会想一想前面的尸体。“
吴仁度犹豫半晌道：”陛下，刑罚世轻世重是陛下亲自废除的。“
象一盘冷水突然浇了下来，让朱由校愣了半晌。这时想起来，当时自己反对刑罚世轻世重便是因为知道前世的严打是没有用的，而事到临头，自己便被情绪所左右了，只想着发泄心里的怒火，震慑那些蛀虫，却没有考虑到这个问题。
他有些尴尬，看向下面的大臣们。大臣们都低着头，不敢看皇帝。过了一会儿孙传庭道：”陛下，您恨贪官污吏之心臣等感同身受，只是我们可以从别的方面来加强惩罚，比如没收家产时可以严一点？“
朱由校已经想明白了，笑着摇了摇头道：”既然有法律规定，那就按规定来吧。朕是太过于情绪化了，还是太年轻呀。“
众臣一片”皇上圣明“，坚决不同意他说的自己太年轻的结论。朱由校知道这是安慰，也不在意，挥挥手道：”从这个情况看来，仓库直管之事刻不容缓。朕和阁臣们商量了一下，州县库房均在银行开列户头，每一笔存入和取出的款项都必须经过银行。而至于粮食问题，乃是天下最重要之事，所以朕决定要成立一个粮食储存署，由农业部的陈侍郎来任署长，下面各州县粮仓都由粮食储存署来管理，不与各级官府之间有从属关系。众卿议一议，看看还有什么修改完善的地方。“
这下子只是多了一个署而不是部，但这并没有让大臣们放心。朝廷直管，实际上就是皇帝通过内阁直管，这样下去，内阁的权力将会越来越大，这对于有着明显派别倾向的大臣来说是一件好事，象拥护方从哲的齐党楚党浙党，象拥护叶向高的部分东林党人，他们至少还能争一争。但对于大部分没有党派归属的所谓中间人士，心里就会有些忐忑了。
不过没有人会不开眼到在这里反对皇帝已经决定了的事情，大家只是对这个粮食储存署的一些设置方式什么的小问题进行了讨论，倒确实提出了一些有建设性的意见。至于署长陈所闻本身并不属于东林党或者齐楚浙党，倒是没有什么人反对。