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本次军机会议最终达成了三项决议，一是确立了对后金以守为主的战略，放弃了短期内收复辽东这项不切实际的计划。
今后的宁远防线，堡垒最多只修到锦州一线，不再向东扩张，孙承宗欲以堡垒战术收复辽东的算盘，可谓是半途而废了。
在座君臣已经预料到，当辽饷从每年五百万两削减至四百万两，辽西将门集团必定煽动兵乱，即将督辽的兵部尚书王在晋，已经感觉到万钧重压在肩上。
二是把新军和军校提高到关系大明生死存亡的地步，在座官员们都自动成为西山军校的教员，现在就开始展开军校的筹备工作。
西山军校的组织架构是朱由检抄袭自黄埔军校的，朱由检将亲自担任西山军校校长，副校长为孙承宗，司业【教导主任】为袁崇焕，教授为鹿善继、茅元仪等。
为了筹备新军和军校，朱由检将从内帑中掏出一百万两交由孙承宗，其中四十万两将用于西山军校，六十万两则用来组建新军。
而这，仅仅是新军和军校未来一年的开支而已，想要新军形成战斗力，西山军校成为黄埔军校，朱由检还必须花费更大的代价。
三是对军机处群臣的工作安排，首先是军机大臣孙承宗，负责辅佐皇帝军机大事，主持军机处全面工作，并主要负责新军和西山军校的筹建。
军机中丞、兵部尚书王在晋的头衔上又多了个蓟辽总督的职务，会议结束之后，王在晋将带着朱由检赐予的尚方宝剑前往辽东上任，总督辽东、蓟州二镇。
袁崇焕、鹿善继、茅元仪不仅要辅佐孙承宗筹建新军和军校，还要负责组建军机处参谋司，培养参谋人才，这也是为日后朱由检组建总参谋部打基础。
范景文、李邦华两位东林党骨干则被分配到四卫营，督四卫营。首发
所谓四卫营，便是皇帝二十六卫亲军中的精锐，分别为腾骧左卫，腾骧右卫，武骧左卫，武骧右卫。
在二十六卫中，其他卫营都是守卫皇城，俱为步兵；而四卫则是随驾护卫，属于皇帝的亲卫部队，基本皇帝走到哪里，四卫则跟到哪里，且四卫还是最精良的骑兵，这也是四卫归属御马监掌管的原因。
按照卫所编制，一卫兵马应有5600人，但如今卫所制度已经彻底败坏，一个卫所能有一千兵马都算不错了。
而四卫营多年没有征战，战力早已荒废，全部兵马加起来也不过五千而已，御马监的军马，也仅有三千之数，五千兵卒中，能骑高头大马的骑兵不足一千。
在朱由检的估算中，大概还有两年他就要领兵亲征大战后金，可作为皇帝亲卫的四卫营如此不堪，朱由检肯定是不满意的。
于是他便将四卫营交给范景文、李邦华去折腾，范景文督腾骧左右二卫，李邦华督武骧左右二卫。
朱由检命范景文、李邦华督四卫营，也有为将来改革京营打前站的打算，只是京营牵扯极大，在新军和四卫营还未形成战斗力前，朱由检不打算轻动，以免触动利益阶层，狗急跳墙煽动京营叛乱。
须知道京营一旦叛变，朱由检仅凭锦衣卫和四卫营，很难有百分百的把握平定叛乱，届时一旦被京营打进皇宫，生死存亡也只在一线之间了。
朱由检毫无疑问，是极度贪生怕死之人，在没有绝对把握之前，他不会对京营大动干戈的，欲动京营，新军和四卫营必须拥有镇压京营的战力才行。
徐光启、孙元化则负责组建军机处兵备司，这也是日后总装备部的雏形了，负责为新军研制大炮、火枪等火器。
朱由检开金手指特招来的杨嗣昌、孙传庭、卢象升三人也没闲着，朱由检知道进入崇祯年后，陕西便会爆发连年干旱，成为农民起义的中心地带。
为此，朱由检特命杨嗣昌、孙传庭、卢象升三人在西山军校学习三个月后，便奔赴陕西，要求三人各以西安府、临洮府、延安府为中心，在三地展开招兵工作，招募秦兵组建新军。
秦兵向来英勇善战，为历朝历代兵源最好之地，历史上孙传庭率领的秦军，便和关宁铁骑、天雄军齐名，号为明末三大军。
朱由检命杨、孙、卢三人到陕西招募兵丁，一可削减流民数量，二可编练精兵，可谓是一举两得。
军机会议散会之后，朱由检还特地将杨、孙、卢三人留了下来，面授机宜。
朱由检此举也是向汉武帝学习的，汉武帝刘彻发现卫青的外甥霍去病有带兵天赋，便将霍去病接到自己身边培养，霍去病的作战思想由汉武帝亲自传授，汉武帝简直把霍去病看成了自己的影子，对其恩宠无限。
结果霍去病也未让汉武帝失望，几次出征匈奴，便成就了封狼居胥的千古功业，成为历代汉家将军争相效仿的对象。
说实话，杨、孙、卢的军事天赋是远远不如霍去病的，但霍去病的天赋才情可遇不可求，千年以降亦唯此一人罢了。
朱由检只希望通过后天的培养，他们能有一人达到戚继光的水平就足矣。
三人首先拜谢朱由检的皇恩浩荡，将他们从六部冷板凳调入军机处授予重任。
朱由检道：“朕简拔尔等进入军机处，皆因从尔等身上看到了知兵天赋，杨卿家学渊源，孙卿多有谋略，卢卿天生神力，此皆为名将之资也，倘若着重培养，尔等未必不如戚少保矣。
且颇为难得的是，尔等皆为进士出身，倘若能立得军功，朕以为大可不必循入阁旧制，非要在翰林院枯坐二三十年冷板凳方可入阁。
朕所期望的阁臣，是汉唐时‘上马能治军，下马能治国’的宰辅之臣，而非那些只晓得抱着四书五经治国的腐儒。”
杨嗣昌、孙传庭、卢象升三人至此方知，原来天子竟对他们寄予何等隆重厚望，这是将他们当作未来阁臣培养啊！
须知道，三人都不是一甲进士及第，唯有卢象升一人是二榜进士出身，杨嗣昌和孙传庭都是三榜同进士，按理说应该没有入阁希望的。
可如今朱由检却许以他们入阁机缘，这叫他们如何不对朱由检感恩戴德，恨不能以死相报。
三人原本想跪下对朱由检三叩九拜，但想到朱由检刚刚废除了军中跪礼，只好拱手弯腰拜道：“陛下之恩比天高，比海深，臣等唯有披肝沥胆为陛下效死，以报圣恩。”