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在将数码死神击败后，大家又过了上日常的生活，这一天在皇家基地的龙收到了生日邀请，不过因为其他人有事去不了，所以龙独自带着大家祝福再一次，来到驯兽师的世界。
来到这个世界的龙，正在准备礼物，却看到了有趣的事情。
另一边
走在街上的留姬却回忆起了自己父亲的温柔，与每年她过生日时父亲的话语。
“什么？去我家里开生日宴会！可是为什么不去别的地呢？”接到了启人电话的留姬此时走在街上皱着秀眉说道。
“那个是......”
“我的天！那辆列车在干什么啊。”
留姬的注意力被吸引了过去。
留姬看着横冲直撞的列车沉默了一会，开口说道。
“启人！有情况！我先去看看，我在横滨路这里。。。”
接着挂断了电话的留姬带着妖狐兽就朝着不远处跑去。
另一边
正当众人疑惑时，不远的一个电视上，出现了一辆列车失控的画面。
“这是！！！”所有人都忍不住惊呼
经过几分钟的奔跑，众人终于赶到了，一座铁路上头的大桥，看见了失控的列车。
“启人！那辆列车有问题！！那个列车有数码兽的气味。”基尔兽非常冷静的说着。
“你确定吗？基尔兽！如果弄错的话。。”启人说着话已经拿出了自己的暴龙机与战斗卡片。
此时看着站立在高处的妖狐兽留姬问道：“怎么样，妖狐兽那个列车有什么问题吗？”
“那个。。列车身上有数码兽的味道！”妖狐兽思考了片刻说道。
“这样啊，那么我们赶紧去阻止那个列车！走吧，妖狐兽。”
“是，留姬。”
当留姬与妖狐兽赶到的时候，只见那个诡异的列车突然间发动了攻击，只见从它的烟囱里突兀的冒出了两枚炸弹打向了前方。
“基尔火炮”
基尔兽放出火焰将一枚炸弹摧毁，但却被另一枚击飞后，列车显现出了自己的本来面目。
“这是。。。机车兽！！”
“喂！我说启人，你这样一个人跑掉算什么嘛。。。”赶来的驯兽师们都不满的抱怨着。
“这是数码宝贝？！”建良惊讶的看着即使被攻击依旧没有停止奔跑的机车兽。
“如果再让机车兽这么跑下去，那人们的日常生活会被完全扰乱的！”摸了摸海天使兽的头，建太苦恼的说道。
“我们赶紧让它停下来吧！狮子兽！”说着话，树莉已经拿出了数码暴龙机。
“明白！树莉。”狮子兽一下子跳了出去。
“伤脑筋，我们也上吧。守卫兽！”博和同样派出了自己的搭档。
“是，博和！”
“啧那我就随时让海天使兽支援好了。。”因为自己搭档不是战斗型的关系建太尴尬的说。
“卡片抽换！速度组件h！重金属！”随着树莉指挥的声音，狮子兽紧握自己的刀，劈向了飞驰的机车兽。
守卫兽也举起自己的双臂发射了两枚大炮。
“毁灭榴弹炮！”
两枚导弹命中机车兽。一阵沉闷的响声传来，机车兽强悍的身体根本就毫发无伤依旧继续跑。
另一边
“那只机车兽是从那个数码领域里跑出来的吗？多路兽，我们先到前方拦截他！”在挑礼物的龙看到后说道
另一边，
机车兽扔在不停的奔驰，竟然再次加速，载着狮子兽和古拉兽飞驰向前。
“狮子兽！！”树莉担心的看着自己的搭档数码兽被机车兽带走赶忙追了上去。
这时，留姬的声音也向了起来。
“卡片抽换！攻击组件F:攻击力上升50%！”刹那间只见妖狐兽一个加速就朝着那里急速飞驰的机车兽冲了过去。
机车兽奔驰的前方，多路加兽和龙正在那里等候。
“这里禁止通行！”龙双手交叉道
“威力金属球！”
多路加兽直接喷出金属球，击中机车兽遭成伤害，但机车兽没有感觉的向前冲。
龙纵身一跃，直接进入了机车兽的动力室，看见了启人和留姬。
“龙，你回来了”启人看见龙道
“不过，我一回来你就给我准备了惊喜啊。”龙道
“啊...这个吗”启人尴尬道
“喂！别玩了。你快过来看看这是不是机车兽行驶的轨迹图？”留姬的声音突然传入耳内。
三人想凑上去看个仔细时，那个挂在墙上的图片突然动了一下转头朝着留姬袭击而去！！！
“留姬！”启人急忙拉过了留姬。
可惜终究还是晚了一步，只见一道红光涌入了，留姬的身体里，而留姬则发起了呆。
“不要阻碍我，我要唱歌！”突然留姬大喊起来。
“小心，他已经被控制了！”龙警惕道
“我说不要阻碍我，我要唱歌！！！”留姬猛地暴起捡起身边的一个巨型扳手打了过去。
“留姬。。。”妖狐兽担心的想要去安慰留姬
“我说过，别阻碍我唱歌！”出乎意料的，留姬竟然打向了妖狐兽。
“留姬，不要！妖狐兽可是你最好的伙伴啊。”启人急忙抱住了留姬的腰身不让她前进一步。
“闪开！”龙说完直接举起暴龙机照在留姬身上。
暴龙机发出光芒降附身在留姬身上的影子漏出真面目
“这是...寄生虫兽！”
众人乘坐着守卫兽推出列车来到了机车兽的外面的，看见在的机车兽身上的寄生虫兽。
然后大家看见三人来到的车顶上。
这时基尔兽爬上来，直接冲上去，用破石爪，将寄生虫击碎留姬恢复了正常。留姬重心不稳要摔下去时妖狐兽接住了她。
但这时被寄生虫兽控制的机车兽，直接进化成了大机车兽向着数码区域跑去。
多路兽直接发出威力金属球，击中寄生虫兽，然而...
“目的已经达到了，大机车兽哟，你就永远不听你的奔驰下去吧。”寄生虫兽说完，朝数码领域发了一道光后，化为了资料。
而天空的数码区域，不时闪过一道道电流，大量的寄生虫兽不停出现。
“原来这才是，他们真正的目的。大机车兽只不过是，为了吸引注意力，扩大数码区域，然后好让他们大量出现。”龙看着满地都是的寄生虫兽道
“绝不会让它们得逞——网络进化”x4
———数码宝贝大百科———
机车兽
完全体，机械型，资料种
适应领域：钢铁帝国
蒸汽火车的模样，以不断行驶为生的机械型数码兽。
在数码世界是运输网络内数据的存在。在大量信息往返的数码世界，如何更快地运输信息是火车头兽这些载物系数码兽的存在意义。
但是，过分追求速度，结果导致旧型火车头兽时而会暴走。另外，因为只能在轨道上驶，导致行动范围狭小，但由于持续回旋行驶有时会产生空间的扭曲。
得意技「蒸汽炸弹」是从烟筒吐出的蒸汽炸弹。
必杀技是旋转并投射带刺的车轮「车轮粉碎机」。
寄生虫兽
究极体，寄生型，病毒种
适应领域：黑暗区域
身为究极体的同时却只能寄生在他人身上否则无法生存的特殊数码兽。
寄生兽的个体能力很弱，但当多数聚集时，要是成熟期级别的数码兽还是可以轻松击败的。
被寄生兽寄生后，宿主数码兽的能力会被激发至极限，发挥可怕力量。同时，宿主的愿望被放大，被趁机利用弱点。
经确认除了寄生兽之外还有几种寄生型数码兽存在，作为数码兽们凶暴化的原因，一般认为除了病毒化以外，是受寄生型数码兽的影响。
必杀技是以伸长的触手束缚敌人施放强烈电击的「电力束缚」。