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马来西亚在行政上由13个州和两个联邦直辖区组成，共有国土面积约329758平方千米，分为西（马来半岛）、东（砂拉越和沙巴）两部分。其中，西马约占国土总面积的38.6%，东马约占61.4%，中间是南中国海，两部分相隔为540千米。马来西亚总的地理特征是海岸线长，山地多，平原少；热带雨林覆盖面广；受热带和海洋环境影响，高温多雨，河流密布，沼泽多，红树林景观独特；动植物、矿产和海洋资源丰富，尤其是新发现的石油和天然气蕴藏量大。
一、西马（马来半岛）
西马由马来半岛及其周围的许多大小岛屿构成，较大的岛屿，如Pulau Langkawi、Pulau Penang（槟榔屿岛，均与玻璃市相邻）、Pulau Pangkor(与霹雳相邻)、Pulau Angsa（位于巴生港口附近）、Pulau Tioman(在东海岸外)等。马来半岛呈狭长形状，位于北纬1°20’至6°40’与东经99°35’至104°20’之间，地近赤道。北端与泰国接壤，南端隔柔佛海峡(the Strait of Johor)与新加坡为邻，面积约131598平方千米。
根据有关地质演变理论，今天的亚洲和澳洲本来是连在一起的，而连接它们的是一个被称做“印度尼西亚远古大陆”(the In-donesian Pri)的地块。早在古生代时期，该地块开始下降，形成地槽，淹没于海水之下。
马来半岛的形成与这一远古大陆的变迁有密切关系，是该大陆漫长的下降、沉积及其伴随的造山运动，最终造就了马来半岛的基本地貌。时间大概是侏罗纪晚期至白垩纪早期，即约1.27亿至1.52亿年以前。
从地理结构上看，马来半岛原属于古老的大陆板块——巽他地台的一部分，该地台也在更新世结束时随着两极冰盖融化，海平面上升，大部分已被淹没于浅海之下。
马来半岛的地貌特征是多山，纵向平行排列着一系列山脉，从西到东，有Banjaran Bintang（滨登山脉）、Banjaran Titiwangsa（主干山脉）、Banjaran Gunung Tahan（大汉山脉）和BanjaranTimur(东岸山脉)。主干山脉及其以西诸附属山脉，均源于侏罗纪晚期和白垩纪早期山系；大汉及东岸山脉则更为古老，乃生成于古生代结束之际。由于地处热带，历经上亿年的风剥雨蚀，除大汉山脉外，其余山脉顶部原有的极厚的沉积岩早已不见，致使花岗岩岩体外裸。主干山，顾名思义，是马来半岛的一座最主要的山脉，被称做半岛脊背，北起泰国，南至森美兰，长约483千米(300英里)，宽约48千米至64千米（30至40英里），有数座高峰，其中最高者为Gunung Chamah(哥布山)，海拔2171米，是半岛东、西两部的分水岭。马来半岛最高的山峰是Gunung Tahan（大汉山），海拔2 187米。
马来半岛的山脉集中在中部和北部，构成同一块山核(themountainous core)，就在其所在的高地上，有金马仑（彭亨境内）、丁加奴等高原。位于半岛中东部的丁加奴高原，包括本农(Be-num)、大汉、东岸等山脉的北部山脉，呈极度切割状态，海拔平均为2500英尺。半岛的中部和北部的部分地区还有许多石灰岩孤山，突兀孑立，边缘陡峭，鲜有植被，高度几百到几千英尺不等，并有大量石灰岩洞。在玻璃市与泰国边境一带，与石灰岩山脉并存的，是许多大的盆地和地坑，底部平展，四周为石灰岩悬崖峭壁，在当地被称做wangs，较大者被马来人辟为居住地。吉兰丹、丁加奴、彭亨以及柔佛东部一带，为一系列低矮山脉，与海岸线呈大体平行走向，时而向内陆延伸达数英里。这些海滩山脉在当地被称做permatang。
马来半岛没有大片平原，只是在山地和海岸之间有一些面积不等的海岸平原，坡度平缓，与陡峭的山脉有明显的分界线，亦有人将之称做低地。半岛东部和西部的海岸平原有很大不同；西部的海岸平原较为开阔，平均宽度为20英里，最宽处如霹雳河与波南河下游一带约达40英里。冲积层多为黏土，沿岸从前分布着大片红树林沼泽地。东部的则相对狭隘，未能缀连成片，沿岸多为沙滩。这与半岛东部整个海岸完全暴露在一望无际的南中国海有关，不像半岛西部有苏门答腊岛将其与印度洋隔开而得以保护。
马来半岛降雨充沛，河道密布，河流基本以主干山脉为分水岭，分别注入南中国海和马六甲海峡。较大的河流有Sungei Pa-hang(彭亨河)，源于彭亨西北部主干山脉以西，长475千米，注入南中国海；Sungei Perak(霹雳河)，源于霹雳北部与泰国交界处的高山，长400千米，注入马六甲海峡；Sungei Kelantan（吉兰丹河），源于丁加奴高原，注入南中国海。此外还有注入南中国海的Sungei Trengganu（丁加奴河）、Sungei Dungun（龙运河）、SungeiRompin（罗宾河）和Sungei Endau（兴楼河），注人马六甲海峡的Sungei ng(巴生河)、Sungei Bernam(波南河)、Sungei Muda(穆达河)、Sungei Kedah（吉达河），以及注入柔佛海峡的Sungei Johor(柔佛河)等。
马来半岛地近赤道，位于季风区内，属于赤道雨林气候季风型，或热带雨林气候季风型，受海洋调节力度较大，特征是终年高温、多雨（年降雨量为2500mm以上），夏季（约5月至9月）受西南季风影响，冬季（约11月中旬至3月）受东北季风影响。包括马来半岛和东马在内的整个马来西亚一年分两季，即湿季和非常湿季，终年湿度高达约80%。全年平均气温为26°C，平均温差为7°C。
温度和降雨量也随地形不同而有所区别，如金马仑高原的平均低气温为18°C，降雨量为2500mm以上；吉隆坡则分别为27°C和2410mm。夜间多凉爽，人们常用“全年都是夏，一雨便成秋”来形容当地气候变化状况，可谓贴切也。
二、东马（砂拉越和沙巴）
东马由砂拉越和沙巴（北婆罗洲）两个州组成，与文莱苏丹国和印尼加里曼丹省接壤，共有国土面积约198 069平方千米（砂拉越124 449平方千米，沙巴73 620平方千米）。东马与印度尼西亚之间以连绵不断的山脉为天然分界，在砂拉越境内，有Banjaran Kapuas（卡浦山脉）、Banjaran Kelingkang（吉令康山脉）和Banjaran Iran(伊朗山脉)，在沙巴境内有Ban-jaran Crocker（科洛克山脉）、Banjaran nd（麦特兰山脉）和Banjaran Brassey(布拉赛山脉)。科洛克山脉（南部）也是砂拉越与沙巴的天然分界，其走向大致与州西海岸平行，最高的山峰即有名的金那巴鲁山（Kinabalu，俗称“中国寡妇山”），海拔4101米，为东南亚之最高。该山由大块火成岩构成，边缘陡峻，顶部平坦。
Sungei Padas(巴打斯河)发源于山的东侧，在丹南(Tenam)附近切断山脉，构成横谷，向西注入南中国海，人海处形成巴打斯河三角洲冲积平原，其上多沼泽森林。
东马境内的河流，在砂拉越州内，由于受地势影响，大多为东南一西北走向，注入南中国海，主要有Batang Sarawak（砂拉越河）、砂当河、Batang Lupar（鲁巴河）、Batang Jarang（拉让河）、Batang Baram（峇南河）等，其中，拉让河是州内最长的河流，长563公里；沙巴州内最长的河流是Sungei Kinabatangan(基那巴丹安河)，长350英里，大致为西南一东北走向，注入苏禄海，其他主要河流还有Sungei Sugut(苏古河，注入苏禄海)、Sungei Labuk(拉卜河，注入濒苏禄海的拉卜湾)、Sungei Segama(实加马河，注入苏禄海)、Sungei Kalubakan(加鲁巴干河，注入濒苏拉威西海的圣路西亚湾)等。主要河流人海口多沿海岸形成三角洲冲积平原。